W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia Państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Państwa urządzeniu końcowym. Możecie Państwo dokonać w każdym czasie zmiany ustawień dotyczących cookies.

Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie - Państwowy Instytut Badawczy


Radzików
05-870 Błonie

tel. 22 725 36 11, 22 733 45 00
fax 22 725 47 14

NIP: 5290007029
REGON: 000079480

e-mail: postbox@ihar.edu.pl

ePUAP: /IHAR-PIB/SkrytkaESP

Kontakt

Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie - Państwowy Instytut Badawczy


Radzików
05-870 Błonie

tel. 22 725 36 11, 22 733 45 00
fax 22 725 47 14

NIP: 5290007029
REGON: 000079480

e-mail: postbox@ihar.edu.pl

ePUAP: /IHAR-PIB/SkrytkaESP

UMO-2018/02/X/NZ9/02042 w ramach konkursu „MINIATURA 2”

XML

Treść


Tytuł projektu: Badanie poziomu metylacji DNA u regenerantów jęczmienia (Hordeum vulgare L.) w oparciu o metodę DArTseq-met.
Kierownik projektu: dr Renata Orłowska
Numer umowy: UMO-2018/02/X/NZ9/02042 w ramach konkursu „MINIATURA 2”
Termin rozpoczęcia:  2018-12-04
Termin zakończenia:  2019-12-03

Badania obejmowały sekwencjonowanie prób DNA pochodzących z około 96 regenerantów jęczmienia uzyskanych w kulturach pylnikowych na drodze androgenezy. Regeneranty otrzymano w zmodyfikowanych warunkach kultur in vitro (suplementacja pożywki CuSO4 oraz AgNO3 a także czas prowadzenia kultury in vitro wg wcześniej opracowanych schematów doświadczalnych). Z liści regenerantów wyizolowano genomowy DNA. Jakość preparatów DNA sprawdzono spektrofotometrycznie i elektroforetycznie. Do badań wykorzystano sekwencjonowanie całego genomu metodą DArTseqMet w laboratorium zewnętrznym. Metoda DArTseqMet pozwoliła oszacować poziom zmian metylacyjnych u regenerantów jęczmienia otrzymanych drogą androgenezy w kulturach pylnikowych. Uzyskane dane dotyczyły demetylacji (DM - 25%), de novo metylacji (DNM - 35%) jak też tych dwóch charakterystyk w dwóch symetrycznych kontekstach CG (DM-CG – 10%, DNMCG – 13%) oraz CHG (DM-CHG – 15%, DNM-CHG – 21%). Zestawianie tych danych z uprzednio uzyskanymi wynikami uzyskanymi metodą metAFLP wskazało na przeszło dziesięciokrotnie wyższe wartości uzyskiwane metodą DArTseqMet, jednakże kierunek obserwowanych zmian dotyczących demetylacji i de novo metylacji był taki sam w obydwu metodach (przewaga de novo metylacji nad demetylacją). Różnice między ilościowymi danymi dla poszczególnych badanych charakterystyk w obydwu metodach badawczych mogą być wynikiem różnej lokalizacji poszczególnych miejsc restrykcji dla zastosowanych enzymów.

 

Powiadom znajomego

Powiadom znajomego

* Pole wymagane