L.p. w zał. do Rozporządzenia MRiRW: 58

Tytuł projektu:	Opracowanie czułych metod wykrywania najważniejszych wirusów ziemniaka.
Kierownik projektu:	dr K. Treder
Planowany okres realizacji:	2014-2020

Streszczenie:

Projekt skupia się na opracowaniu nowych metod lub nowych rozwiązań metodycznych w ramach metod już opracowanych. Od dwudziestu lat przez zespoły z całego świata podejmowane są próby aplikacji metod molekularnych do wykrywania wirusów w bulwach, jednak z badań porównujących skuteczność tych metod z próbami oczkowymi, wynika, że próby oczkowe są tak samo lub bardziej wiarygodne niż RT‑PCR czy RT-PCR w czasie rzeczywistym (Barker i in. 1993, Fox i in. 2005, Bolotova i in. 2008). Dlatego opracowanie skutecznej metody pozwalającej na wykrywanie bez konieczności stosowania prób oczkowych byłoby dużym osiągnięciem poznawczym. Ponadto wiedza na temat przyczyn problemów z wykrywaniem wirusów w bulwach jest skromna. Z naszych badań wynika, że rody i odmiany różnią się znacząco koncentracją wirusów w bulwach, szczególnie w przypadku wirusa Y oraz że te różnice mogą być związane z odpornością odmian. Dokładne zbadanie tego zagadnienia zwiększy wiedzę na temat biologii oddziaływań wirusów z rośliną ziemniaka. Szybkie testy paskowe do wykrywania wirusów w warunkach polowych zostały opracowane przez nasz zespół w przeszłości. Ponadto obecnie są one dostępne komercyjnie. Jednak ich koszt jednostkowy jest dosyć wysoki, co ogranicza stosowanie. Dlatego podejmujemy badania nad opracowaniem nowych, prostszych i tańszych rozwiązań metodycznych, opartych na innej zasadzie niż immunochromatografia.

Cel:

Głównym celem projektu jest opracowanie czułych metod wykrywania najważniejszych patogenów wirusowych (PVY, PVM, PLRV) w bulwach, kiełkach i liściach ziemniaka, dedykowanych do realizacji różnych celów badawczych. Cel główny będzie realizowany poprzez realizację szczegółowych zadań. Badania będą skupiać się na (I) opracowaniu i optymalizacji nowych metod wykrywania wirusów bezpośrednio w bulwach i kiełkach, (II) ocenie wpływu odporności odmian ziemniaka na skuteczność wykrywania wirusów w bulwach i adaptacji opracowanych metod do wykrywania wirusów w bulwach o niskiej zawartości wirionów, (III) ocenie przydatności kiełków do wykrywania wirusów, (IV) adaptacji i optymalizacji metod molekularnych do wykrywania wirusów w roślinach in vitro, a także na (V) opracowaniu szybkich testów polowych.

---

Pliki do pobrania:
2019

• Treder K., Pawłowska A., Kaczmarek A., Mielczarek M. 2019. Ion exchange membrane chromatography and gel filtration as tools to investigate plant RNA viruses. RNA 2019. The 24th Annual Meeting of the RNA Society. June 11 - 16, 2019 ICE Kraków Congress Centre, Kraków, Poland. PROGRAM & ABSTRACTS, Poster 864.
• Mielczarek M., Pawłowska A., Kaczmarek A., Treder K. 2019. Colorimetric detection of potato virus Y by Loop-mediated isothermal amplification of nucleic acids (LAMP) as an example of a development point-of-care test for potato viruses. Eurobiotech 2019, Kraków, Poland, 23-25 September 2019. Book of abstracts: Poster P5.3, p. 25.
• Pawłowska A., Mielczarek M. 2019. Detection of the crucial potato viruses in different potato tissues by immunological and molecular methods. Eurobiotech 2019, Kraków, Poland, 23-25 September 2019. Book of abstracts: Poster P5.4, p. 25.

2018

• Treder K., Mielczarek M., Zacharzewska B. 2018. Detection of potato viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. Plant Biology Europe, June 18-21, Copenhagen, Denmark. Abstr. No. 413.
• Treder K., Zacharzewska B., Mielczarek M., Chołuj J. 2018. Development of multiplex RT-PCR and real-time RT-PCR assays to detect three potato viruses. Plant Biology Europe, June 18-21, Copenhagen, Denmark. Abstr. No.: 412.
• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Mielczarek M. 2017. Detection of potato virus Y (PVY) by reverse-transcription loop-mediated nucleic acid amplification (RT-LAMP). Plant Breeding and Seed Science, 75: 77-85. Doi: 10.1515/plass-2017-0011.

2017

• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Babujee L., Mielczarek M., Burzyński A., Rakotondrafara A., Optimization of a magnetic capture RT‑LAMP assay for fast and real‑time detection of potato virus Y and differentiation of N and O serotypes. Springer, Archives of Virology, Official Journal of the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies. ISSN 0304-8608, Arch Virol DOI 10.1007/s00705-017-3635-3
• Treder K., Zacharzewska B., 2017. Opracowanie nowych starterów do wykrywania wirusa M ziemniaka (Potato virus M, PVM) za pomoc testu RT-PCR. Ziemniak Polski 2017 nr 3. s. 32-35
• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Rakotondrafara A., Babujee L., 2017. Sensitive detection of potato virus Y and differentiation of O and N types by loop-mediated isothermal amplification. EAPR 2017., 20th Triennial Conference, Versailles, 9-14 July 2017
• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Mielczarek M., 2017. New sensitive assay fot the detection of potato leafroll virus by conventional and real-time reverse transcription polymerase chain reaction. EAPR 2017., 20th Triennial Conference, Versailles, 9-14 July 2017

• Zacharzewska B., Treder K. 2016. Opracowanie testu RT-PCR do wykrywania wirusa M ziemniaka [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 71-72.
• Chołuj J., Zacharzewska B., Treder K. 2016. Izotermiczna amplifikacja kwasów nukleinowych, jako szybki test wykrywania wirusów ziemniaka na przykładzie wirusa PVY. [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 46-47.
• Treder K., Chołuj J., Pawłowska A., Dybner M., 2016. Wykrywanie wirusa Y w bulwach i kiełkach ziemniaka. [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 45-46.
• Treder K., Chołuj J., Pawłowska A., Dybner M., 2016. Wykrywanie wirusa Y w bulwach i kiełkach ziemniaka. [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 45-46.

2015

• Poster - Zakopane 2015 r. - J. Chołuj, B. Zacharzewska, K. Treder
• Poster Zakopane 2015 r. - B. Zacharzewska, J. Chołuj, K. Treder
• Dźwirzyno 2015 r. - K.Treder, B. Zacharzewska, J. Chołuj
• A. Przewodowska, B. Zacharzewska, J. Chołuj, K. Treder "American Journal of Potato Research", "A One-Step, Real-Time Reverse Transcription Loopmediated Isothermal Amplification Assay to Detect Potato Virus Y"
• K. Treder, "Metody wykrywania obecności wirusów ziemniaka", 

2014

• Zacharzewska B., Przewodowska A., Treder K. "Wpłytw sposobu izolacji RNA na czułość wykrywania wirusa Y ziemniaka za pomocą RT-PCR"
• Zacharzewska, B., A. Przewodowska, and K. Treder. 2014. The Adaptation of Silica Capture RT-PCR for the Detection of Potato Virus Y. American Journal of Potato Research. doi:10.1007/s12230-014-9383-y.
•  Przewodowska A., Zacharzewska B., Treder K. "Izotermiczna technika lamp w diagnostyce wirusów ziemniaka" 
• Treder K., Zacharzewska B. "Optymalizacja wykrywania wirusów ziemniaka za pomocą RT-PCR"