a:42:{s:4:"name";s:36:"Zadanie 1.5. (dr hab. M. Boczkowska)";s:4:"lang";s:2:"pl";s:8:"position";i:5;s:7:"listing";s:3:"yes";s:15:"entityProviding";N;s:9:"createdBy";s:15:"Maja Boczkowska";s:11:"createdDate";s:10:"2021-05-26";s:18:"responsibleContent";N;s:10:"accessible";s:3:"yes";s:14:"seoDescription";N;s:11:"seoKeywords";N;s:9:"seoRobots";s:3:"yes";s:9:"startShow";N;s:13:"startShowTime";N;s:8:"stopShow";N;s:12:"stopShowTime";N;s:8:"moveDate";N;s:8:"moveTime";N;s:10:"moveParent";N;s:7:"content";s:6336:"

Ocena i identyfikacja molekularna obiektów w banku genów.

Osoba odpowiedzialna (w instytucie badawczym): Dr hab. M. Boczkowska

Celem zadania jest wykorzystanie oceny zmienności molekularnej zebranych obiektów ze szczególnym uwzględnieniem populacji miejscowych do analizy pod kątem identyfikacji obiektów, identyfikacji duplikatów i sprawdzenia taksonów wątpliwych.

Identyfikacja gatunkowa i odmianowa opierała się na analizie morfologicznej. Obecnie coraz częściej stosowane są techniki molekularne, jako bardziej precyzyjne niż metody fenologiczne do rozpoznawania odmian i taksonów botanicznych.

  1. W zadaniu zostaną wykorzystane, jako techniki ewaluacji obiektów, analizy molekularne. 
  2. Sprawdzenie poprawności oznaczenia gatunków dla 20 obiektów kolekcji pszenicy banku genów.
    • identyfikacja DNA obiektów. Porównanie otrzymanego materiału DNA dla obiektów banku genów, z sekwencjami pozwalającymi na identyfikację gatunków, zamieszczonymi w ogólnodostępnych bazach. 
    • umieszczenie uzyskanej sekwencji DNA w bazie EGISET (plik tekstowy w standardowym formacie fasta składający się z pojedynczej linii tekstu zawierającej opis sekwencji oraz z kolejnych linii zawierających samą sekwencję DNA. W opisie sekwencji zostaną umieszczone informacje takie jak gatunek, numer akcesyjny obiektu, nazwa badanego regionu DNA).
    • komentarz do uzyskanego wyniku analizy zostanie umieszczony w bazie danych EGISET w postaci pliku w formacie pdf powiązanego z badanym obiektem W komentarzu zostaną podane pełne dane taksonomiczne obiektu, autorzy, data uzyskania sekwencji, miejsce uzyskania sekwencji, liczbowo wyrażona długość odczytu, informacja czy fragment zawiera sekwencję kodującą, sekwencje starterów wykorzystanych w analizie, informację czy nastąpiła korekta nazwy botanicznej w centralnej bazie danych, jeśli tak to jej treść. Dane bibliograficzne publikacji po jej ukazaniu się.

  3. Ocena stopnia podobieństwa genetycznego 90 obiektów z kolekcji owsa banku genów (populacje miejscowe i stare odmiany). 
    • wykonanie analizy DNA przy użyciu technologii DArTseq 
    • umieszczenie uzyskanej sekwencji DNA w ogólnodostępnych bazach danych. Ze względu na rozmiar, surowe dane DArTseq zostaną zdeponowane w światowych bazach danych o otwartym dostępie (np. NCBI, Open Science Framework) oraz w Repozytorium Centrum Otwartej Nauki CEON. Ponadto do bazy danych EGISET dołączony zostanie plik zawierający komentarz do uzyskanego wyniku analizy. W bazie danych EGISET zostanie załączony link umożliwiający pobranie danych (Plik tekstowy (csv)) rozdzielany przecinkami zawierający informacje o numerze akcesyjnym obiektu, gatunek, unikatowe ID dla każdego zsekwencjonowanego locus, jego lokalizację w genomie jeżeli możliwe jest jej ustalenie tj. chromosom i dokładną pozycję początku sekwencji, wykryty typ polimorfizmu i jego położenie we fragmencie, współczynnik powtarzalności wyniku, oraz informację czy badany obiekt jest homo czy heterozygotyczny w konkretnym locus. Plik będzie zawierał wszystkie odczyty dla badanego obiektu. 
    • komentarz do uzyskanego wyniku analizy zostanie umieszczony w bazie danych EGISET w postaci pliku w formacie pdf powiązanego z badanym obiektem (W komentarzu zostaną podane następujące informacje: numer akcesyjny obiektu, gatunek, data uzyskania wyniku, autorzy, miejsce uzyskania wyniku, wyjaśnienie skrótów występujących w pliku zawierającym surowe wyniki, wyniki po obróbce statystycznej tj. współczynniki heterozygotyczności, współczynnik wsobności, liczba loci/chromosom, dane bibliograficzne publikacji po jej ukazaniu się i jej cząstkowe wyniki tj. np. dystans genetyczny w stosunku do innych badanych obiektów, współczynnik polimorfizmu PIC.)
  4. Ocena stopnia podobieństwa genetycznego 90 obiektów z kolekcji żyta banku genów (populacje miejscowe i stare odmiany). 
    • wykonanie analizy DNA przy użyciu technologii DArTseq ,
    • umieszczenie uzyskanej sekwencji DNA w ogólnodostępnych bazach danych. Ze względu na rozmiar, surowe dane DArTseq zostaną zdeponowane w światowych bazach danych o otwartym dostępie (np. NCBI, Open Science Framework) oraz w Repozytorium Centrum Otwartej Nauki CEON. W bazie danych EGISET zostanie załączony link umożliwiający pobranie danych (Plik tekstowy rozdzielany przecinkami zawierający informacje o numerze akcesyjnym obiektu, gatunek, unikatowe ID dla każdego zsekwencjonowanego locus, jego lokalizację w genomie jeżeli możliwe jest jej ustalenie tj. chromosom i dokładną pozycję początku sekwencji, wykryty typ polimorfizmu i jego położenie we fragmencie, współczynnik powtarzalności wyniku, oraz informację czy badany obiekt jest homo czy heterozygotyczny w konkretnym locus. Plik będzie zawierał wszystkie odczyty dla badanego obiektu.
    • komentarz do uzyskanego wyniku analizy zostanie umieszczony w bazie danych EGISET w postaci pliku w formacie pdf powiązanego z badanym obiektem (W komentarzu zostaną podane następujące informacje: numer akcesyjny obiektu, gatunek, data uzyskania wyniku, autorzy, miejsce uzyskania wyniku, wyjaśnienie skrótów występujących w pliku zawierającym surowe wyniki, wyniki po obróbce statystycznej tj. współczynniki heterozygotyczności, współczynnik wsobności, liczba loci/chromosom, dane bibliograficzne publikacji po jej ukazaniu się i jej cząstkowe wyniki tj. np. dystans genetyczny w stosunku do innych badanych obiektów, współczynnik polimorfizmu PIC.)

Planowany na 2021 r. miernik dla zadania 1.5:

  1. Liczba publikacji - 2
  2. Liczba gatunków/obiektów oznaczonych – 20
  3. Liczba obiektów opisanych molekularnie na rzecz hodowli – 180

";s:13:"accessibleYes";s:3:"yes";s:7:"archive";s:2:"no";s:20:"moveDeleteCategories";N;s:14:"moveDeleteNews";N;s:3:"www";N;s:7:"wwwOpen";N;s:7:"addDate";s:19:"2022-05-04 21:51:01";s:8:"editDate";s:19:"2022-05-04 21:51:01";s:6:"editBy";s:2:"13";s:10:"editorName";s:8:"Wojciech";s:13:"editorSurname";s:8:"Borawski";s:4:"tags";N;s:7:"banners";N;s:9:"important";a:5:{s:9:"startShow";s:0:"";s:13:"startShowTime";s:0:"";s:8:"stopShow";s:0:"";s:12:"stopShowTime";s:0:"";s:8:"position";s:0:"";}s:9:"frontpage";a:2:{s:16:"contentFrontpage";s:0:"";s:8:"position";s:0:"";}s:3:"rss";a:1:{s:6:"access";s:1:"1";}s:12:"recruitments";a:10:{s:8:"position";s:0:"";s:9:"workplace";s:0:"";s:8:"deadline";s:0:"";s:12:"deadlineTime";s:0:"";s:5:"place";s:0:"";s:9:"completed";s:1:"0";s:13:"completedType";s:1:"0";s:7:"persons";a:1:{i:1;a:2:{s:4:"name";s:0:"";s:4:"home";s:0:"";}}s:8:"canceled";s:1:"0";s:6:"result";s:0:"";}s:7:"notices";a:5:{s:8:"signcase";s:0:"";s:10:"lettersign";s:0:"";s:7:"type_id";s:2:"-1";s:7:"kind_id";s:2:"-1";s:10:"expiration";s:0:"";}s:7:"tenders";a:12:{s:12:"procedure_id";s:2:"-1";s:11:"contracting";s:83:"Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie Państwowy Instytut Badawczy";s:5:"order";s:0:"";s:7:"orderNo";s:0:"";s:8:"value_id";s:2:"-1";s:5:"value";s:0:"";s:7:"kind_id";s:2:"-1";s:8:"deadline";s:0:"";s:12:"deadlineTime";s:0:"";s:5:"place";s:0:"";s:8:"canceled";s:1:"0";s:6:"result";s:0:"";}s:11:"resolutions";a:14:{s:12:"resolutionNo";s:0:"";s:17:"resolutionCreator";s:2:"-1";s:14:"resolutionDate";s:0:"";s:13:"regardingType";s:2:"-1";s:19:"regardingChangeYear";a:1:{i:1;s:2:"-1";}s:15:"regardingChange";a:1:{i:1;s:2:"-1";}s:9:"regarding";s:0:"";s:7:"basedOn";s:0:"";s:18:"voivodshipsJournal";s:2:"-1";s:13:"voivodship_id";s:2:"-1";s:20:"voivodshipsJournalNo";s:0:"";s:15:"voivodshipsDate";s:0:"";s:5:"notes";s:0:"";s:9:"status_id";s:2:"-1";}s:10:"ordinances";a:9:{s:11:"ordinanceNo";s:0:"";s:16:"ordinanceCreator";s:0:"";s:13:"ordinanceDate";s:0:"";s:9:"topicType";s:2:"-1";s:19:"ordinanceChangeYear";a:1:{i:1;s:2:"-1";}s:20:"topicOrdinanceChange";a:1:{i:1;s:2:"-1";}s:5:"topic";s:0:"";s:5:"notes";s:0:"";s:9:"status_id";s:2:"-1";}s:11:"attachments";a:1:{s:6:"access";s:1:"1";}}
Zaktualizował:Wojciech Borawski
Data aktualizacji:2022-05-04 21:51:01