UMO-2018/02/X/NZ9/02042 w ramach konkursu „MINIATURA 2”
| Tytuł projektu: | Badanie poziomu metylacji DNA u regenerantów jęczmienia (Hordeum vulgare L.) w oparciu o metodę DArTseq-met. |
| Kierownik projektu: | dr Renata Orłowska |
| Numer umowy: | UMO-2018/02/X/NZ9/02042 w ramach konkursu „MINIATURA 2” |
| Termin rozpoczęcia: | 2018-12-04 |
| Termin zakończenia: | 2019-12-03 |
Badania obejmowały sekwencjonowanie prób DNA pochodzących z około 96 regenerantów jęczmienia uzyskanych w kulturach pylnikowych na drodze androgenezy. Regeneranty otrzymano w zmodyfikowanych warunkach kultur in vitro (suplementacja pożywki CuSO4 oraz AgNO3 a także czas prowadzenia kultury in vitro wg wcześniej opracowanych schematów doświadczalnych). Z liści regenerantów wyizolowano genomowy DNA. Jakość preparatów DNA sprawdzono spektrofotometrycznie i elektroforetycznie. Do badań wykorzystano sekwencjonowanie całego genomu metodą DArTseqMet w laboratorium zewnętrznym. Metoda DArTseqMet pozwoliła oszacować poziom zmian metylacyjnych u regenerantów jęczmienia otrzymanych drogą androgenezy w kulturach pylnikowych. Uzyskane dane dotyczyły demetylacji (DM - 25%), de novo metylacji (DNM - 35%) jak też tych dwóch charakterystyk w dwóch symetrycznych kontekstach CG (DM-CG – 10%, DNMCG – 13%) oraz CHG (DM-CHG – 15%, DNM-CHG – 21%). Zestawianie tych danych z uprzednio uzyskanymi wynikami uzyskanymi metodą metAFLP wskazało na przeszło dziesięciokrotnie wyższe wartości uzyskiwane metodą DArTseqMet, jednakże kierunek obserwowanych zmian dotyczących demetylacji i de novo metylacji był taki sam w obydwu metodach (przewaga de novo metylacji nad demetylacją). Różnice między ilościowymi danymi dla poszczególnych badanych charakterystyk w obydwu metodach badawczych mogą być wynikiem różnej lokalizacji poszczególnych miejsc restrykcji dla zastosowanych enzymów.