Streszczenie:

Projekt skupia się na opracowaniu nowych metod lub nowych rozwiązań metodycznych w ramach metod już opracowanych. Od dwudziestu lat przez zespoły z całego świata podejmowane są próby aplikacji metod molekularnych do wykrywania wirusów w bulwach, jednak z badań porównujących skuteczność tych metod z próbami oczkowymi, wynika, że próby oczkowe są tak samo lub bardziej wiarygodne niż RT‑PCR czy RT-PCR w czasie rzeczywistym (Barker i in. 1993, Fox i in. 2005, Bolotova i in. 2008). Dlatego opracowanie skutecznej metody pozwalającej na wykrywanie bez konieczności stosowania prób oczkowych byłoby dużym osiągnięciem poznawczym. Ponadto wiedza na temat przyczyn problemów z wykrywaniem wirusów w bulwach jest skromna. Z naszych badań wynika, że rody i odmiany różnią się znacząco koncentracją wirusów w bulwach, szczególnie w przypadku wirusa Y oraz że te różnice mogą być związane z odpornością odmian. Dokładne zbadanie tego zagadnienia zwiększy wiedzę na temat biologii oddziaływań wirusów z rośliną ziemniaka. Szybkie testy paskowe do wykrywania wirusów w warunkach polowych zostały opracowane przez nasz zespół w przeszłości. Ponadto obecnie są one dostępne komercyjnie. Jednak ich koszt jednostkowy jest dosyć wysoki, co ogranicza stosowanie. Dlatego podejmujemy badania nad opracowaniem nowych, prostszych i tańszych rozwiązań metodycznych, opartych na innej zasadzie niż immunochromatografia.

Cel:

Głównym celem projektu jest opracowanie czułych metod wykrywania najważniejszych patogenów wirusowych (PVY, PVM, PLRV) w bulwach, kiełkach i liściach ziemniaka, dedykowanych do realizacji różnych celów badawczych. Cel główny będzie realizowany poprzez realizację szczegółowych zadań. Badania będą skupiać się na (I) opracowaniu i optymalizacji nowych metod wykrywania wirusów bezpośrednio w bulwach i kiełkach, (II) ocenie wpływu odporności odmian ziemniaka na skuteczność wykrywania wirusów w bulwach i adaptacji opracowanych metod do wykrywania wirusów w bulwach o niskiej zawartości wirionów, (III) ocenie przydatności kiełków do wykrywania wirusów, (IV) adaptacji i optymalizacji metod molekularnych do wykrywania wirusów w roślinach in vitro, a także na (V) opracowaniu szybkich testów polowych.

Pliki do pobrania:

2018

• Treder K., Mielczarek M., Zacharzewska B. 2018. Detection of potato viruses by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. Plant Biology Europe, June 18-21, Copenhagen, Denmark. Abstr. No. 413.
• Treder K., Zacharzewska B., Mielczarek M., Chołuj J. 2018. Development of multiplex RT-PCR and real-time RT-PCR assays to detect three potato viruses. Plant Biology Europe, June 18-21, Copenhagen, Denmark. Abstr. No.: 412.
• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Mielczarek M. 2017. Detection of potato virus Y (PVY) by reverse-transcription loop-mediated nucleic acid amplification (RT-LAMP). Plant Breeding and Seed Science, 75: 77-85. Doi: 10.1515/plass-2017-0011.

2017

• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Babujee L., Mielczarek M., Burzyński A., Rakotondrafara A., Optimization of a magnetic capture RT‑LAMP assay for fast and real‑time detection of potato virus Y and differentiation of N and O serotypes. Springer, Archives of Virology, Official Journal of the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies. ISSN 0304-8608, Arch Virol DOI 10.1007/s00705-017-3635-3
• Treder K., Zacharzewska B., 2017. Opracowanie nowych starterów do wykrywania wirusa M ziemniaka (Potato virus M, PVM) za pomoc testu RT-PCR. Ziemniak Polski 2017 nr 3. s. 32-35
• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Rakotondrafara A., Babujee L., 2017. Sensitive detection of potato virus Y and differentiation of O and N types by loop-mediated isothermal amplification. EAPR 2017., 20th Triennial Conference, Versailles, 9-14 July 2017
• Treder K., Chołuj J., Zacharzewska B., Mielczarek M., 2017. New sensitive assay fot the detection of potato leafroll virus by conventional and real-time reverse transcription polymerase chain reaction. EAPR 2017., 20th Triennial Conference, Versailles, 9-14 July 2017

• Zacharzewska B., Treder K. 2016. Opracowanie testu RT-PCR do wykrywania wirusa M ziemniaka [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 71-72.
• Chołuj J., Zacharzewska B., Treder K. 2016. Izotermiczna amplifikacja kwasów nukleinowych, jako szybki test wykrywania wirusów ziemniaka na przykładzie wirusa PVY. [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 46-47.
• Treder K., Chołuj J., Pawłowska A., Dybner M., 2016. Wykrywanie wirusa Y w bulwach i kiełkach ziemniaka. [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 45-46.
• Treder K., Chołuj J., Pawłowska A., Dybner M., 2016. Wykrywanie wirusa Y w bulwach i kiełkach ziemniaka. [W:] Nasiennictwo i ochrona ziemniaka. Konf. nauk.-szkol. Dźwirzyno, 11-13.05. IHAR ZNiOZ Bonin: 45-46.

2015

• Poster - Zakopane 2015 r. - J. Chołuj, B. Zacharzewska, K. Treder
• Poster Zakopane 2015 r. - B. Zacharzewska, J. Chołuj, K. Treder
• Dźwirzyno 2015 r. - K.Treder, B. Zacharzewska, J. Chołuj
• A. Przewodowska, B. Zacharzewska, J. Chołuj, K. Treder "American Journal of Potato Research", "A One-Step, Real-Time Reverse Transcription Loopmediated Isothermal Amplification Assay to Detect Potato Virus Y"
• K. Treder, "Metody wykrywania obecności wirusów ziemniaka", 

2014

• Zacharzewska B., Przewodowska A., Treder K. "Wpłytw sposobu izolacji RNA na czułość wykrywania wirusa Y ziemniaka za pomocą RT-PCR"
• Zacharzewska, B., A. Przewodowska, and K. Treder. 2014. The Adaptation of Silica Capture RT-PCR for the Detection of Potato Virus Y. American Journal of Potato Research. doi:10.1007/s12230-014-9383-y.
•  Przewodowska A., Zacharzewska B., Treder K. "Izotermiczna technika lamp w diagnostyce wirusów ziemniaka" 
• Treder K., Zacharzewska B. "Optymalizacja wykrywania wirusów ziemniaka za pomocą RT-PCR"

Załączniki: